聚合作用
聚合酶結(jié)構(gòu)圖
在引物 RNA'-OH末端,以dNTP為底物,按模板DNA上的指令由DNApolⅠ逐個(gè)將核苷酸加上去,就是DNApolⅠ的聚合作用。酶的專一性主要表現(xiàn)為新進(jìn)入的脫氧核苷酸必須與模板DNA配對時(shí)才有催化作用。dNTP進(jìn)入結(jié)合位點(diǎn)后,可能使酶的構(gòu)象發(fā)生變化,促進(jìn)3'-OH與5'-PO4結(jié)合生成磷酸二酯鍵。若是錯(cuò)誤的核苷酸進(jìn)入結(jié)合位點(diǎn),則不能與模板配對,無法改變酶的構(gòu)象而被3'-5'外切酶活性位點(diǎn)所識別并切除之。3'5'外切酶活性──校對作用
這種酶活性的主要功能是從3'→5'方向識別和切除不配對的DNA生長鏈末端的核苷酸。當(dāng)反應(yīng)體系中沒有反應(yīng)底物dNTP時(shí),由于沒有聚合作用而出現(xiàn)暫時(shí)的游離現(xiàn)象,從而被3'→5'外切酶活性所降解。如果提高反應(yīng)體系的溫度可以促進(jìn)這種作用,這表明溫度升高使DNA生長鏈3'末端與模板發(fā)生分離的機(jī)會更多,因而降解作用加強(qiáng)。當(dāng)向反應(yīng)體系加入dNTP,而且只加放與模板互補(bǔ)的上述核苷酸才會使這種外切酶活性受到抑制,并繼續(xù)進(jìn)行DNA的合成。由此推論,3'→5'外切酶活性的主要功能是校對作用,當(dāng)加入的核苷酸與模板不互補(bǔ)而游離時(shí)則被3'→5'外切酶切除,以便重新在這個(gè)位置上聚合對應(yīng)的核苷酸。在某些T4噬菌體突變株中DNA復(fù)制的真實(shí)性降低,而易發(fā)生突變,從此突變株分離得到的聚合酶的3'→5'外切酶活性很低。相反,另外一些具有抗突變能力的T4突變株中的聚合酶的3'→5'外切酶活性比野生型高得多,因此,其DNA復(fù)制真實(shí)性好,變異率低??梢姡?'→5'外切酶活性對DNA復(fù)制真實(shí)性的維持是十分重要的。 聚合酶分子反應(yīng)示意圖
5'3'外切酶活性──切除修復(fù)作用5'→3'外切酶活性就是從5'→3'方向水解DNA生長鏈前方的DNA鏈,主要產(chǎn)生5'-脫氧核苷酸。這種酶活性只對DNA上配對部份(雙鏈)磷酸二酯鍵有切割活力作用,方向是5'→3'。每次能切除10個(gè)核苷酸,而且DNA的聚合作用能刺激5'→3'外切酶活力達(dá)10倍以上。因此,這種酶活性在DNA損傷的修復(fù)中可能起著重要作用。對岡崎片段5'末端DNA引物的去除依賴此種外切酶活性。
焦磷酸解作用
DNApolⅠ的這種活性可以催化3'末端焦磷酸解DNA分子。這種作用就是無機(jī)焦磷酸分解DNA生長鏈,可以認(rèn)為是DNA聚合作用的逆反應(yīng),而且這種水解DNA鏈作用需要有模板DNA的存在。(dNMP)n XPPi←(dNMP)n-x X(dNPPP)→DNA 焦磷酸交換作用
催化dNTP末端的PPi同無機(jī)焦磷酸的交換反應(yīng)。反應(yīng)式為32P32Pi dNPPP←dNP32P32P PPi→DNA
最后兩種作用,都要求有較高濃度的PPi,因此,在體內(nèi)由于沒有足夠高的PPi而無重要意義。DNApolⅠ的DNA聚合酶活性和5'→3'外切酶活性協(xié)同作用,可以使DNA鏈上的切口向前推進(jìn),即沒有新的DNA合成,只有核苷酸的交換。這種反應(yīng)叫缺口平移(Nicktranslation)。當(dāng)雙鏈DNA上某個(gè)磷酸二酯鍵斷裂產(chǎn)生切口時(shí),DNApoIⅠ能從切口開始合成新的NDA鏈,同時(shí)切除原來的舊鏈。這樣,從切口開始合成了一條與被取代的舊鏈完全相同的新鏈。如果新?lián)饺氲拿撗鹾塑账崛姿釣棣?32P-dNTP,則重新合成的新鏈即為帶有同位素標(biāo)記的DNA分子,可以用作探針進(jìn)行分子雜交實(shí)驗(yàn)。 盡管DNApolⅠ是第一個(gè)被鑒定的DNA聚合酶,但它不是在腸桿菌中DNA復(fù)制的主要聚合酶。主要證據(jù)如下:純化的DNApolⅠ催化dNTP摻入的速率為667堿基/分,而體內(nèi)DNA合成速率要比此高二倍數(shù)量級;大腸桿菌的一個(gè)突變株中,此酶的活力正常,但染色體DNA復(fù)制不正常;而在另一些突變株中,DNApolⅠ的活力中只是野生型的1%,但是DNA復(fù)制卻正常,而且此突變株增加了對紫外線、烷化劑等突變因素的敏感性。這表明該酶與DNA復(fù)制關(guān)系不大,而在DNA修復(fù)中起著重要的作用。 一些特定的DNA聚合酶對于化學(xué)修飾性核苷分子顯示出驚人的耐受性,從而為高度功能化的核酸分子的有效合成提供了令人激動的新機(jī)遇。