初期:1915年-1940年
1915年,弗德里克· 特沃特(Frederick W.Twort)擔(dān)任倫敦布朗研究所所長。特沃特在研究中力圖尋找用于天花疫苗的痘苗病毒(vaccina virus)的變異株(variant),這種變異株可能在活細(xì)胞外介質(zhì)中復(fù)制。他在一項(xiàng)試驗(yàn)中將一部分天花疫苗接種給一個(gè)含營養(yǎng)瓊脂的培養(yǎng)盤。雖然這種病毒未能復(fù)制,但是細(xì)菌污染物在瓊脂盤中生長很快。特沃特繼續(xù)進(jìn)行他的培養(yǎng)并注意到,一些細(xì)菌菌落顯示出“帶水的樣子”(即變得比較透明)。這樣的菌落做進(jìn)一步培養(yǎng)時(shí)也不再能復(fù)制(即細(xì)菌被殺死)。特沃特把這種現(xiàn)象稱為透明轉(zhuǎn)化(glassy transformation)。他接著證明用透明轉(zhuǎn)化原理感染一個(gè)正常的細(xì)菌菌落會把這種細(xì)菌殺死。這種透明實(shí)體很容易通過一個(gè)陶瓷過濾器,可被稀釋一百萬倍,當(dāng)放在新鮮細(xì)菌上的時(shí)候就會恢復(fù)它的實(shí)力,或者說滴度。 特沃特發(fā)表了一篇描述這種現(xiàn)象的短文,認(rèn)為對他所觀察的結(jié)果的解釋是存在一種細(xì)菌病毒。由于服役于第一次世界大戰(zhàn),特沃特的研究中斷了。返回倫敦后,他沒有繼續(xù)進(jìn)行這項(xiàng)研究因此在這個(gè)領(lǐng)域沒有作出進(jìn)一步的貢獻(xiàn)。 與此同時(shí),加拿大醫(yī)學(xué)細(xì)菌學(xué)家費(fèi)利克斯· 德赫雷爾(Felix d’Herelle)當(dāng)時(shí)正在巴黎的巴斯德研究所工作。1915年8 月,法國的一個(gè)騎兵中隊(duì)駐扎在巴黎郊外的梅宗-勒菲特(Maisons-Lafitte),一場嚴(yán)重的志賀氏桿菌引發(fā)的痢疾對整個(gè)部隊(duì)造成了毀滅性的打擊。德赫雷爾對患者的糞便進(jìn)行過濾,很快從過濾的乳狀液中分離出痢疾桿菌,并且加以培養(yǎng)。細(xì)菌不斷生長,復(fù)蓋了培養(yǎng)皿的表面。德赫雷爾偶然觀察到清楚的圓點(diǎn),上面沒有長出任何細(xì)菌。他把這些東西稱為乳樣斑(taches vierges),或稱為噬斑(plaques)。德赫雷爾跟蹤觀察一名患者的整個(gè)感染過程,觀察何時(shí)細(xì)菌最多,斑點(diǎn)何時(shí)出現(xiàn)。有意思的是,患者的病情在感染后的第四天開始好轉(zhuǎn)。 德赫雷爾把這些病毒(virus)稱為噬菌體(bateriophage),緊接著他發(fā)明了病毒學(xué)研究領(lǐng)域的方法。他將噬斑進(jìn)行有限的稀釋,測定病毒的濃度。他的推論是出現(xiàn)斑點(diǎn)表明病毒為顆?;蚍Q為小體(corpuscular)。德赫雷爾在研究中還證明病毒感染的第一步是病原體附著(吸附)宿主細(xì)胞。他通過把病毒與宿主細(xì)胞混合后共沉淀證明了這一點(diǎn)。(他還證明,上清中不存在這種病毒)一種病毒的附著只是在細(xì)菌對與它混合的病毒敏感時(shí)才出現(xiàn),這表明了一種病毒對宿主細(xì)胞的吸附有特定的范圍。他還用很清楚的現(xiàn)代術(shù)語描述了細(xì)胞溶菌(lysis)的釋放。德赫雷爾在許多方面是現(xiàn)代病毒學(xué)原理的創(chuàng)始人之一。 到1921 年,越來越多的溶原性菌株(lysogenic bacterial strain) 被分離,在一些實(shí)驗(yàn)中已經(jīng)不可能把病毒與它的宿主分開。這使布魯塞爾巴斯德研究所的朱勒斯· 博爾德特(Jules Bordet)認(rèn)為,德赫雷爾描述的傳染性病原體只不過是一種促進(jìn)自身繁殖的細(xì)菌酶(bacterial enzyme)。雖然這是一種錯誤的結(jié)論,但是它相當(dāng)接近于朊病毒(prion)結(jié)構(gòu)和復(fù)制的看法。 在20 世紀(jì)20-30 年代,德赫雷爾重點(diǎn)探索他的研究成果在醫(yī)學(xué)上的應(yīng)用,但是毫無成果。當(dāng)時(shí)進(jìn)行的基礎(chǔ)研究常常受該領(lǐng)域個(gè)別科學(xué)家的強(qiáng)烈個(gè)性所產(chǎn)生的解釋的影響。顯然有許多不同的噬菌體,一些為溶菌性(lytic)而另一些則是溶原性(lysogenic),但是它們之間的相互關(guān)系仍然定義不明確。這個(gè)時(shí)期的重要發(fā)現(xiàn)是馬克斯· 施萊辛格,他證明純化的噬菌體最大直徑(linear dimension)0.1 微米,質(zhì)量大約4x10克,它們由蛋白質(zhì)和DNA 構(gòu)成,比例大體上相等。1936 年那時(shí)沒有任何人清楚地知道如何利用這種觀察結(jié)果,但是,它在隨后的20 年里產(chǎn)生了重大影響。
現(xiàn)代:1938 年-1970 年
馬克斯· 德爾布呂克(Max Delbruck)是吉廷根大學(xué)(Gittinge)培養(yǎng)出來的物理學(xué)家。他的第一份工作是在柏林威廉化學(xué)研究所,在那里他與一些研究人員積極地討論量子物理與遺傳學(xué)的關(guān)系。德爾布呂克對這個(gè)領(lǐng)域的興趣使他發(fā)明了一種基因的量子機(jī)械模型(guantum mechanical model of gene)。1937 年,他申請并獲得了在加利福尼亞理工學(xué)院學(xué)習(xí)的獎學(xué)金。一到加利福尼亞理工學(xué)院他就開始與另一位研究員埃默里· 埃利斯(Emory Ellis)合作。埃利斯當(dāng)時(shí)正在研究一組噬菌體-T2 、T4 、T6(T-偶數(shù)噬菌體)。德爾布呂克很快認(rèn)識到這些病毒適合研究病毒復(fù)制。這些噬菌體是探索遺傳信息如何決定一種生物體的結(jié)構(gòu)和功能的一個(gè)途徑。從一開始,這些病毒就被視為了解癌癥病毒,甚至了解精子如何使卵子受精并發(fā)育為一種新生物體的典型系統(tǒng)。埃利克和德爾布呂克設(shè)計(jì)出一步生長曲線試驗(yàn)。在這項(xiàng)試驗(yàn)中,一種受感染的細(xì)菌經(jīng)過半個(gè)小時(shí)的潛伏期(latent period)或稱為隱蔽期(eclipse period)之后釋放了大量噬菌體。這項(xiàng)試驗(yàn)給潛伏期下了定義,即病毒失去傳染性的時(shí)候。這成為這個(gè)噬菌體研究小組的試驗(yàn)范例。 第二次世界大戰(zhàn)爆發(fā)后,德爾布呂克留在美國(在范德比爾特大學(xué)),見到了意大利難民薩爾瓦多·盧里亞(Salvador E . Luria)。盧里亞逃到美國避難,當(dāng)時(shí)在紐約州哥倫比亞大學(xué)研究T1和T2噬菌體。他們是1940 年12 月28 日在費(fèi)城舉行的一次會議上見面的,并在隨后的兩天里策劃在哥倫比亞大學(xué)的試驗(yàn)。兩位科學(xué)家將招聘和領(lǐng)導(dǎo)越來越多的研究人員重點(diǎn)研究利用細(xì)菌病毒作為了解生命進(jìn)程的一個(gè)模型。對他們的成功起關(guān)鍵作用的是1941 年夏天他們應(yīng)邀到冷泉港實(shí)驗(yàn)室做試驗(yàn)。就這樣一位德國物理學(xué)家和一位意大利遺傳學(xué)家在二戰(zhàn)期間一直進(jìn)行合作,周游美國招聘新一代的生物學(xué)家,后來這些人被稱為噬菌體研究小組。 此后不久,新澤西州普林斯頓RCA 實(shí)驗(yàn)室的電子顯微學(xué)家湯姆· 安德森(Tom Anderson)見到了德爾布呂克。到1942 年3 月,他們第一次獲得了噬菌體的清晰照片。大約同時(shí),這些噬菌體變異株第一次被分離和鑒定。到1946 年,冷泉港實(shí)驗(yàn)室開設(shè)了第一門噬菌體課程,1947 年3 月,第一次噬菌體會議有8 人出席。分子生物學(xué)就是從這些緩慢的開端中發(fā)展起來的。這門科學(xué)的重點(diǎn)是研究細(xì)菌宿主及其病毒。
隨后的25 年(1950 年至1975 年)是用噬菌體進(jìn)行病毒學(xué)研究碩果累累的時(shí)期。數(shù)百名病毒學(xué)家發(fā)表了數(shù)千篇論文,主要涉及三個(gè)領(lǐng)域:(a)用T-偶數(shù)噬菌體進(jìn)行的大腸桿菌溶菌性感染研究;(b)利用λ噬菌體進(jìn)行的溶原性研究,以及(c)幾種獨(dú)特噬菌體的復(fù)制和特性研究,例如ФX174 (單鏈環(huán)狀DNA)、RNA 噬菌體、T7 等。它們?yōu)楝F(xiàn)代分子病毒學(xué)和生物學(xué)奠定了基礎(chǔ)。本文不可能一一介紹所有這些科學(xué)文獻(xiàn),只能提及一些有選擇的重點(diǎn)。 到1947年至1948年,用生物化學(xué)方法研究噬菌體感染細(xì)胞在潛伏期發(fā)生的變化開始盛行。西摩·科恩(Seymour Cohen)最初曾在哥倫比亞大學(xué)與歐文· 查格夫(Erwin Chargaff)一道研究脂質(zhì)和核酸,隨后又與溫德爾· 斯坦利研究煙草花葉病毒RNA ,1946年在冷泉港實(shí)驗(yàn)室主修德爾布呂克的噬菌體課程。他利用比色法(colorimetric analisis)研究被噬菌體感染的細(xì)胞中DNA 和RNA 水平的影響。
這些研究表明,被噬菌體感染的細(xì)胞中大分子合成發(fā)生了戲劇性的改變:(a)RNA 的凈積累在這些細(xì)胞中停止。[后來,這成為發(fā)現(xiàn)多種RNA 的基礎(chǔ),并且第一次證明了信使RNA 的存在]。(b)DNA 合成停止了7 分鐘,隨后又以5 倍至10 倍的速度恢復(fù)DNA 合成。(c)與此同時(shí),蒙諾德(Monod)和沃爾曼(Wollman)的研究表明,噬菌體感染后一種細(xì)胞酶——可誘導(dǎo)β-半乳糖苷酶(galactosidase)的合成受到抑制。這些試驗(yàn)把病毒的潛伏期分為初期(在DNA 合成之前)和晚期兩個(gè)階段。更重要的是這些研究結(jié)果表明,病毒可能改變受感染細(xì)胞的大分子合成過程。 到1952 年底,兩項(xiàng)試驗(yàn)對這個(gè)領(lǐng)域產(chǎn)生了重要影響。
首先,赫爾希和蔡斯利用標(biāo)記病毒蛋白(SO)和核酸(PO)跟蹤噬菌體對細(xì)菌的附著。他們能用攪拌機(jī)去除病毒的蛋白質(zhì)衣殼,只保留與受感染細(xì)胞有聯(lián)系的DNA 。這使他們能夠證明這種DNA 具有再生大量新病毒所需的全部信息。赫爾希-蔡斯的試驗(yàn)和沃森與克里克一年后闡述的新DNA 結(jié)構(gòu)共同構(gòu)成了分子生物學(xué)革命的奠基石。 病毒學(xué)領(lǐng)域的第二項(xiàng)試驗(yàn)是1953年由懷亞特(G.R.Wyatt)和科恩(S.S.Cohen)進(jìn)行的。他們在研究T-偶數(shù)噬菌體時(shí)發(fā)現(xiàn)一個(gè)新的堿基,即5‘羥甲基胞嘧啶(hydroxymethylcytosine)。這個(gè)新發(fā)現(xiàn)的堿基似乎取代了細(xì)菌DNA 中的胞嘧啶(cytosine)。這使科學(xué)家們開始對細(xì)菌和受噬菌體感染的細(xì)胞中DNA 的合成進(jìn)行了長達(dá)10 年的研究。最關(guān)鍵的研究表明,病毒把遺傳信息引入受感染的細(xì)胞中。到1964 年,馬修斯(Mathews)等人的研究證明,未受感染的細(xì)胞中不存在5‘羥甲基胞嘧啶,并且必須由病毒為之編碼。這些試驗(yàn)提出了脫氧嘧啶(deoxypyrimidine)生物合成和DNA 復(fù)制方面的早期酶學(xué)概念,提供的明確的生物化學(xué)證據(jù)表明可以編碼一種新的信息并在受感染的細(xì)胞中表達(dá)。對這些噬菌體的詳細(xì)遺傳分析后確認(rèn)了編碼這些噬菌體蛋白質(zhì)的基因,并繪制了基因圖使概念更完整。實(shí)際上,對T-偶數(shù)噬菌體的rⅡ 和B 順反子(cistron)的遺傳分析成為研究最充分的“遺傳精細(xì)結(jié)構(gòu)”之一。利用噬菌體變異株和提取物體外復(fù)制病毒DNA ,對我們當(dāng)代了解DNA 如何自我復(fù)制作出了重要貢獻(xiàn)。最后,通過對噬菌體裝配的詳細(xì)遺傳學(xué)分析,利用噬菌體突變株體外裝配的互補(bǔ)性闡明了有機(jī)體如何利用自我裝配的原理構(gòu)建復(fù)雜結(jié)構(gòu)。對噬菌體溶菌酶的遺傳和生物化學(xué)分析有助于闡述突變的分子性質(zhì),噬菌體突變(琥珀突變)提供了在分子水平研究第二位點(diǎn)抑制突變(second-site suppressor mutation)的明確方式 。DNA的環(huán)形排列、末尾冗余(引起噬菌體雜合體)結(jié)構(gòu)可以解釋T 偶數(shù)噬菌體的環(huán)形遺傳圖。 病毒和細(xì)胞蛋白質(zhì)的合成在受噬菌體感染的細(xì)胞中發(fā)生明顯變化,這一點(diǎn)是在早期研究中使用十二烷基硫酸鈉一聚丙烯酰胺凝膠(sodium dodecyl sulfate (SDS)-polyacrylamide gels)而被戲劇性地發(fā)現(xiàn),結(jié)果表明病毒蛋白質(zhì)的合成有特定順序,分為早期蛋白質(zhì)和晚期蛋白質(zhì)。這種一過性的基本調(diào)節(jié)機(jī)制最終發(fā)現(xiàn)了調(diào)節(jié)RNA 聚合酶和授予基因特殊性的∑因子。幾乎每一個(gè)級別的基因調(diào)節(jié)(轉(zhuǎn)錄、RNA 穩(wěn)定性、蛋白合成、蛋白處理)的研究均是通過對噬菌體感染性研究得出的原始數(shù)據(jù)揭示的。 雖然溶菌噬菌體(lytic phage)研究取得如此顯著的進(jìn)展,但是仍然沒有人能清楚地解釋溶源性噬菌體(lysogenic phage)。這種局面在1949年發(fā)生了變化,當(dāng)時(shí),巴斯德研究所的安德烈·勒沃夫(Andre Lwoff) 開始對Bacillus megaterium 及其溶源性噬菌體進(jìn)行研究。通過使用一種顯微操縱器將單一細(xì)菌分割多達(dá)19次,從未釋放出任何病毒。當(dāng)從外部對溶源性細(xì)菌進(jìn)行溶解時(shí),也沒有發(fā)現(xiàn)病毒。但是經(jīng)常出現(xiàn)一個(gè)細(xì)菌自發(fā)地發(fā)生溶解并釋放出許多病毒來的現(xiàn)象。紫外線能誘使這些病毒釋放是一項(xiàng)重要的發(fā)現(xiàn),這種觀察可以概述一種病毒與其宿主之間的奇妙關(guān)系。到1954年,巴斯德研究所的雅各布(Jacob)和沃爾曼(Wollman)得出重要的研究結(jié)果,即一種溶源性菌株(Hfr ,λ)與非溶源性受體在結(jié)合之后的遺傳雜交(genetic cross)導(dǎo)致病毒的誘發(fā)。他們把這個(gè)過程稱為合子誘導(dǎo)(zygotic induction)。事實(shí)上溶源性噬菌體或稱原噬菌體(prophage)在其宿主大腸桿菌的染色體中的位置,可在遺傳雜交之后用標(biāo)準(zhǔn)的中斷交尾實(shí)驗(yàn)繪圖。這是在概念上了解溶源性病毒的最關(guān)鍵試驗(yàn)之一,理由如下:(a)病毒的行為就像一種細(xì)菌的染色體上的細(xì)菌基因一樣;(b)它表明病毒遺傳物質(zhì)由于負(fù)面的調(diào)節(jié)而在病毒中保持靜止的試驗(yàn)結(jié)果之一。當(dāng)染色體從溶源性供體細(xì)菌傳遞到非溶源性受體宿主時(shí),該病毒遺傳物質(zhì)丟失;(c)這有助于解釋雅各布和沃爾曼早在1954 年就認(rèn)識到的酶合成以及噬菌體生成的誘導(dǎo)是同一現(xiàn)象的表現(xiàn)”。這些試驗(yàn)為操縱子模型(operon model)和協(xié)同基因調(diào)控(coordinate gene regulation)的性質(zhì)奠定了基礎(chǔ)。 雖然在1953年闡述了DNA的結(jié)構(gòu),1954年描述了合子誘導(dǎo),但是溶源現(xiàn)象中細(xì)菌染色體與病毒染色體之間的關(guān)系仍被稱為附著部位(attachment site),當(dāng)時(shí)也只能從這些角度考慮。后來,坎貝爾(Campbell)根據(jù)噬菌體標(biāo)記的順序在整合狀態(tài)下不同于復(fù)制或生長狀態(tài)這一事實(shí),提出DNA與細(xì)菌染色體進(jìn)行λ整合的模型,至此,病毒與其宿主之間的真正密切關(guān)系才得到認(rèn)識。這導(dǎo)致分離出λ噬菌體的負(fù)調(diào)節(jié)基因或稱抑制基因,這是對溶原菌免疫特性的清楚了解,也是對基因如何進(jìn)行協(xié)同調(diào)節(jié)的早期范例之一。對λ噬菌體生命周期的遺傳分析是微生物遺傳學(xué)領(lǐng)域的重大學(xué)術(shù)探險(xiǎn)。它值得所有分子病毒學(xué)和生物學(xué)學(xué)者進(jìn)行詳細(xì)的研究。 諸如鼠傷寒沙門氏菌(Salmonella typhimurium)P22 這樣的溶源性噬菌體是一般性轉(zhuǎn)導(dǎo)(transduction)的第一個(gè)例證,而λ噬菌體是特殊轉(zhuǎn)導(dǎo)的第一個(gè)例證。病毒可能攜帶細(xì)胞基因,并把這樣的基因從一個(gè)細(xì)胞轉(zhuǎn)移到另一個(gè)細(xì)胞,這不僅提供了精確遺傳繪圖的一種方法,而且也是病毒學(xué)中的一個(gè)新概念。隨著細(xì)菌的遺傳因素被更詳細(xì)地研究,可以清楚地看出,從溶源性噬菌體研究發(fā)展到附加體(episome)、轉(zhuǎn)座子(transposon)、反轉(zhuǎn)錄轉(zhuǎn)座子(retrotranspon)、插入元件(insertion element)、逆轉(zhuǎn)錄病毒(retrovirus)、嗜肝DNA病毒(hepadnovirus)、類病毒(viroid)、擬病毒(virusoid,又稱類病毒viroid-like指一類包裹在植物病毒顆粒中的病毒,譯者注),以及朊病毒(prion)研究,這一切使得遺傳信息在病毒與其宿主之間的定義和分類的關(guān)系開始變得模糊不清。從噬菌體研究中得出的遺傳和生化概念使病毒學(xué)的進(jìn)一步發(fā)展成為可能。溶菌和溶源性噬菌體研究的經(jīng)驗(yàn)和教訓(xùn)常常隨著對動物病毒的研究而被人們重新學(xué)習(xí)和修改。